聖武天皇の発願により741年に諸国に建立された国分寺の一つです。東大寺文書に三代実録の文書の中西暦872年の5月30日の条(貞観14年)にてこの駿河国の国府に接している長谷の地に国分寺が所在されていたという記述がある。以降江戸期を通じ現在の静岡県立高校を含む一帯が国分寺であり、明治の廃仏毀釈まで存在していました。 その後に真言宗 醍醐派によって再建されました。